主，历代国主都接受宋朝的封赐，北面称臣，在实行联宋抗夏的基本国策的同时，又保持一定的独立性。角厮罗曾与辽、西夏、回鹘联姻，与宋、西夏都有过战争和边事纠纷。宋哲宗元符二年(1099年)，宋洮西安抚使王赡率部进占湟水流域，在青唐建部州，在邈川建湟州。但由于遭吐蕃人的反抗，加之粮饷困难，宋军被迫于次年撤出了湟水流域。徽宗崇宁二年(1103年)，宋军在王厚统领下，再次攻取湟州。次年收复鄯州、廓州，并改鄯州为西宁州，角厮罗政权宣告解体。
宋又陆续建积石军、震武军。宋在熙河兰湟路置蕃学，对吐蕃贵族子弟实施儒学教育；在河湟地区招募弓箭手垦田戌守，修浚渠道，恢复和发展农业经济。钦宗靖康二年(1127年)，北宋亡。次年，宋军陆续退出青海东部，将地方交给角厮罗后裔益麻党征(赐名赵怀恩)主持。金太宗天会九年(1131年)，金兵攻占河湟地区。西夏崇宗大德二年(1136年)，西夏攻占金乐州、西宁州，次年又遣使携重金请金国将青海东部割让给夏国，金同意将乐、廓、积石3州割让给夏。夏将积石州更名祈安城。后来金在河州西部另析置积石军，金夏在黄河之南约以隆务河为界。1182年，金升积石军为州。金哀宗正大四年(1227年)，蒙古军在成吉思汗率领下逆黄河而上攻三石州后，又分兵攻占西夏的西宁等州(见金夏河湟之争)。
元世祖中统二年(1261年)设西夏中兴行中书省(后改称甘肃等处行中书省)，青海湟水中下游地区为甘肃行省西宁州地。至元(1264－1294年)初(一说1253年)，设吐蕃等处宣慰使司都元帅府，治河州，隶宣政院，辖青海地区(湟水中下游除外)、甘肃西南部及四川北部部分地区。其辖区内今青海境元时还设有积石州元帅府、贵德州、必里万户府等。元代将宋、夏时的乐州、廓州并入西宁州。柴达木盆地西北部则归甘肃行省沙州路辖。元代实行分派宗王镇守地方的政策。元初，忽必烈封其第七子奥鲁赤为西平王，镇戍川藏甘青地区。奥鲁赤的子孙镇西武靖王一系就驻在朵思麻地方。元初，西宁地区为章吉驸马封地，至元二十四年(1287年)封章吉为宁濮郡王，镇守西宁州。仁宗延祜四年(1317年)封章吉之弟脱脱木儿为歧王，后又封速来蛮等为西宁王，接替镇守西宁地区。元顺帝时，封卜烟贴木儿为宁王，镇守柴达木盆地及其迤西地区。元代青海地区依然以畜牧业经济为主，兼营农业。牧场归封建领主所有，牧民被固定在一定范围内从事生产。东部宜农区经营小规模农业，通行封建租佃关系。
据《元史·食货志》载，至元八年(1271年)时，西宁州的税粮标准是旱地每亩3升，水地每亩5升。二十三年，设西宁州等处拘榷课程所，负责税收和财政转运事宜。元代驿传制度号称发达，朵思麻地区为元通往乌思藏的驿道所经，使者、僧人、商旅往还频繁。元朝在积石州、贵德州等处各置有脱脱禾孙站，但青海境内驿站数目没有明代多(见站赤)。元朝由于马匹易得，茶马互市不盛行。世祖忽必烈曾派都实探查河源，后形成〈河源志》。元代青海主体民族是藏族，还有汉、蒙古、回纥等族人。元时突厥族乌古斯部落中撒鲁尔部的一支从中亚展转迁徙，至今循化撒拉族自治县一带定居下来，后来形成撒拉族。回族先民从中亚一带大批迁入，他们大多是蒙古军队的“西域亲军”和随军工匠、商人及其家属，后来形成甘青地区的回族。元朝推行“因其俗而柔其人”的民族政策，扶植和利用藏传佛教为其统治服务。僧人多被任命为各级地方官，并准予世袭。除推崇佛教外，对伊斯兰教也给予优遇。元在包括青海在内的广大民族地区成功推行了政教合一的统治制度。
明洪武初，明军在副将邓愈率领下进人河湟地区，西宁地区故元势力纷纷降明，明廷即于洪武六年(1373年)，改元西宁州为西宁卫，卫下辖中、左、右、前、后5个千户所。又于碾伯(今乐都)设置碾伯守御千户所，改元贵德州为归德守御千户所，在河州卫所辖今循化县一带设置积石州千户所。在进行卫所设置的同时，明朝为了加强控制，在河湟地区实行土汉参治的治理政策，此为明王朝治理青海政治举措中的一大特点。另外，在今青南广大游牧地区则设置若干羁縻卫所。洪武四年以元必里万户府之地置必里千户所，成祖永乐元年(1403年)升为必里卫。洪武六年在今川青藏交界地区设朵甘卫，次年升为朵甘行都指挥使司。此外，在柴达木盆地撒里畏兀儿人居住地区设置安定、阿端、曲先、罕东4卫，由西宁卫节制，史称“西宁塞外四卫”。宣宗宣德九年(1434年)在今玉树州通天河流域设必里术江卫。这些羁縻卫所均由部落首领担任卫宫，部落内部准其因俗而治。
在军事上，明代后期，与卫所系统平行的，还有一套镇戍系统官职，有总兵、副总兵、参将、游击、守备、把总等，所统之兵称为“营兵”，后来成为地方驻军的主体。另有防守官系统，共驻防13处。孝宗弘治元年(1488年)设整饬西宁兵备道，由陕西按察副使充任，常驻西宁，兼管凉州、庄浪、镇番、古浪等卫所，有权调动卫所管军，还握有吏治和刑狱大权。
明代青海地区土地占有关系比较复杂，不同时期又有一些变化。大体而言，东部农业区以国有屯田及封建领主(或地主)和寺院的土地所有制为主要形式，以零星的自耕农土地作为补充。西部、南部牧业区是部落领主占有制。明代河湟地区的屯田以军屯为主要形式，屯田所获就近供军，这对保证西北边疆的安定起到了一定的积极作用(见明代河湟屯田)。由于屯田的开展，相应地也出现了移民现象，并直接影响到今天青海民族的构成和分布的格局，同时也带来了中原地区先进的生产技术，促进了青海农业的开发。明代前期，青海畜牧业经济比较发达，洪武末年实行金牌制后，出自青海境内的马匹就约占当时金牌纳马总数的78%。
自明中期以后，东蒙古人居青海，战乱频繁，畜牧业生产遭到很大破坏。明代，除藏、蒙古各族以部落或帐户为单位经营的畜牧业外，在青海境内又置牧马监苑，牧养官马。成祖永乐四年置甘肃苑马寺于碾伯，辖6监，其中甘泉、祁连、临川、宗水4监在青海境内，牧马达6万余匹。明政府又承袭唐宋以来与西北少数民族实行茶马互市的做法，专设西宁茶马司，实行茶叶专卖。而明时的茶马贸易又有别于前代，即实行差发马制，利用官方控制的特殊贸易形式，加强对少数民族经济的控制。因此其实质与唐宋时期自由交换的荼马互市有所不同。随着农业、牧业和商业贸易的发展，明代青海的交通事业也得到较大发展，西宁卫置有7驿、5递运所、14急递铺，河州西南甘青藏区曾置有“山后七驿”(又称纳邻七站)，初步形成了四通八达的驿道网(见西宁卫驿路)。
青海是个多民族地区，除自宋元时活跃于青海的“吐蕃”(明时称“西番”)外，又有西海蒙古势力入居青海，并逐渐发展成为青海境内一个重要的民族成分。另外，自唐宋以至元代就已出现的回民，到明时已作为一个民族整体正式形成并扎根于甘青一带。自元代撒拉人先民迁徙循化后，经过不断补充和吸收新的成员，到明代中叶，撒拉人口已达“男妇一万名口”，逐渐形成为一个新的民族共同体。另外，元末明初，“西宁州土人”之称普遍见于史籍，虽然直到民国时期人们仍然称其为土人，中华人民共和国建立后才正式定名为“土族”，但在明代，土人作为一个民族实体即已基本形成。明代，曾出现了一位着名的宗教改革家，即宗喀巴，他创立了藏传佛教一个新的派别格鲁派(俗称黄教)。黄教一经创建，就在藏区广泛传
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