吾尔化过程最终完成。察合台汗国的蒙古人基本上都融合于维吾尔族之中。吐鲁番地区的汉族，哈密的回回、畏兀儿、哈喇灰也融合于维吾尔族。
这一时期，哈萨克、乌孜别克、柯尔克孜等民族也逐渐形成。14世纪末至15世纪初，钦察汗国(金帐汗国)分裂，从伏尔加河至额尔齐斯河称“白帐汗国”，仍由成吉思汗长子术赤的后裔统治。15世纪中叶，白帐汗国被瓦刺击败，其所属乃蛮、克烈、篾儿乞等部的部分民众在首领克烈和扎尼别克二人率领下，迁徙至楚河流域。东察合台也先不花汗将其安排在楚河附近的库齐巴什地方，这些人自称“哈萨克”。未迁徙仍留在原地的游牧居民则自称为“乌孜别克”。15世纪后半期，哈萨克的人口有所增加，牧地扩大。原白帐汗国属下的乌孜别克人继续迁入楚河流域，与哈萨克人汇合。也先不花汗去世后，东察合台汗国的七河和伊犁河流域的乌孙、杜拉特(朵豁刺惕)、札刺亦儿等部落也逐渐融合于哈萨克，哈萨克人的牧地扩展到了巴尔喀什湖以东以南地区。1511—1523年，哈斯木汗完全统一了哈萨克各部，形成了地域广大的哈萨克汗国。其辖地南至锡尔河流域，东南至楚河、塔拉斯河、卡腊塔拉河、伊犁河诸河流域，东北至巴尔喀什湖东南，西至玉雅克河流域。首都从锡戛那克迁到突厥斯坦城。
16世纪初，昔班尼在汗位时，乌孜别克汗国复兴，并达到鼎盛阶段。1500年，昔班尼汗率军南征，先后占领布哈拉、撒马尔罕、讹迹干、塔什干、巴尔赫等地，灭亡帖木儿帝国。乌孜别克人进入中亚农业区并建立政权后，与当地居民融合，逐渐成为乌孜别克族。
1428年，歪思汗去世，长子羽奴思与次子也先不花争夺汗位，结果也先不花称汗，羽奴思逃亡帖木儿帝国。也先不花汗多次出兵，攻掠帖木儿帝国。1456年，帖木儿帝国护送羽奴思东归，羽奴思攻占费尔干至阿克苏和伊塞克湖以南地区后，遂自立为汗，东察合台汗国因此而又分为南、北两个部分。1462年，也先不花死，羽奴思攻占吐鲁番等地，统一东察合台汗国，并与明朝争夺哈密。1487年，羽奴思汗去世，长子马黑木在塔什干继位，统有汗国西部领土。次子阿黑麻汗控制着从阿克苏到吐鲁番的广大地区，并占据哈密。
15—16世纪，柯尔克孜族人大批进入新疆。柯尔克孜，汉代称坚昆，唐代称黠戛斯，元代称吉利吉思，一直居住在叶尼塞河上游地区。瓦刺强盛起来以后，吉利吉思人受到瓦刺人的侵袭，被迫西迁。他们首先越过阿尔泰山，南穿准噶尔盆地，到达伊塞克湖周围和伊犁河上游地区，其中一部分又南逾天山，达乌什、喀什噶尔及其以西地区。西迁的吉利吉思人依附于东察合台汗国，并逐渐信仰了伊斯兰教。萨亦德汗建立叶尔羌汗国时，吉利吉思人竭力援助。
汉代，新疆地区的古代民族主要有塞、月氏(音：肉支r6uzhi)、乌孙、羌、匈奴和汉人。
塞人，在西方史籍中被称为“萨迦”，原游牧于甘肃西部的敦煌一带，汉文史籍称其为“允戎”，因被月氏人排挤而西迁。至战国时期，塞人主要活动于北疆西部和西北部以及伊犁河流域、帕米尔地区。1976年，考古工作者在阿拉沟东口发掘了一批塞人的墓葬，发现了小铁刀、三棱形铁镞等，还有随葬的羊、牛、马骨，说明在战国时期，塞人已经使用铁器，仍过着以游牧为主的经济生活。在伊犁尼勒克奴拉赛山，考古工作者发现了一处距今2400多年的铜矿采掘、冶炼遗址。矿洞、坑道都用松木支架，深达数十米。在离矿坑不远的山沟内，发现有供冶炼用的木炭、铜锭。说明塞人在找矿、采掘、冶炼各个方面都已经有了比较成熟的经验，达到了相当高的工艺水平。考古工作者在塔什库尔干香宝宝发掘的塞人的墓葬中，发现有殉葬的奴隶。说明在战国时期，塞人已进入了奴隶社会发展阶段。
大约在公元前2世纪初期，居住在河西地区的月氏人由于受到匈奴的攻击，西迁至伊犁河流域，而将塞人驱逐出该地。塞人南迁葱岭(今帕米尔高原)。
月氏人，战国时期活动于包括河西走廊在内的甘肃西部到塔里木盆地的广大地区。秦汉之际最为强盛，常常轻视匈奴。匈奴着名单于冒顿为太子时，就曾作为人质扣押在月氏。月氏还攻击过乌孙，杀其王难兜靡，占据祁连山北麓。公元前177年，匈奴攻破月氏，迫使大部分月氏人西迁至伊犁河流域，逐走那里的塞人而居其地。后匈奴联合乌孙再次攻击月氏，并击杀月氏王。月氏人再迁至大夏(今阿姆河上游地区)，并逐渐控制了大夏的土地，才安定下来。
乌孙，最初活动于河西走廊，是月氏旁边的小国。约在秦末汉初，乌孙受月氏人的攻击，其王难兜靡被杀，部众逃往匈奴。当时，乌孙王难兜靡之子尚在襁褓中，也被匈奴单于所收养。乌孙王子长大后，率所属部众为匈奴守边。公元前
161年，他在匈奴的支持下，率乌孙向西迁徙，追袭大月氏，以报杀父之仇。结果，月氏溃败，被迫南迁，乌孙遂占有伊犁河流域。
羌族，是我国古老的民族之一，是形成中华民族的重要远族。传说中炎帝也是羌族的祖先。后来羌族的一部分向东迁徙，较早地融人了华夏族；一部分留在原地或向今甘肃、青海、西藏等省、自治区迁徙。战国时期，秦国的势力不断向西发展，迫使一部分羌族部落由河湟一带经阿尔金山口进入塔里木盆地南缘。
羌族人在新疆的活动已被考古资料所证实。学术界都认为，正是由于羌族人曾在新疆活动过，才留下了“若羌”这个地名。考古工作者在沙雅县还发现了“汉归义羌长印”，说明直至汉代，羌族人仍是新疆地区一支举足轻重的力量。
匈奴，是我国历史上北方一个重要的古老的民族。它兴起于战国时期，强胜于秦末汉初。匈奴是一个游牧民族，畜牧业在其社会生活中占有主要地位，畜群既是他们的生产资料，又是他们的生活资料。匈奴人饲养的牲畜主要有马、牛、骆驼、驴等。
公元前209年，头曼单于的儿子冒顿射杀其父，自立为单于。从此，单于的世袭制度便在匈奴社会中确立下来。
冒顿单于(音：末独蝉于)继位后，逐渐强盛，曾战败过汉高祖刘邦。汉朝采用“和亲”方式与匈奴修好。公元前177年(汉文帝前元三年)，匈奴右贤王入侵河套，被汉朝击败。右贤王逃出长城，随即被冒顿单于派往西域征伐月氏。月氏被迫西迁，经过焉耆以西的开都河谷，逃到伊犁河流域，击败了塞人，在那一带建立了政权。塞人大部分向西南帕米尔高原及厨宾
(位于今克什米尔一带。厨：音计ji)迁徙，在ji宾建立了新的政权，一部分仍留居伊犁。匈奴击败月氏后，分兵征服了龟兹、鄯善、车师、疏勒、于阗等三十六国。冒顿单于将乌孙王昆莫西迁到新疆东部天山以北的蒲类海(今巴里坤湖)周围，乌孙原来游牧之地分封给了浑邪王、休屠王。
公元前174年(汉文帝前元六年)，冒顿致书汉朝，称已消灭了月氏，西域各地如楼兰、乌孙、呼揭等已经归属匈奴。汉文帝回信，指责匈奴违背和约，破坏了兄弟之情。匈奴征服西域后，将其置于右贤王属地，后来又派遣日逐王统辖西域。日逐王设立“僮仆都尉”，驻守焉耆、危须、尉犁等地。从“僮仆都尉”一词看，匈奴实际上将西域各族人民均视为自己的奴隶。西域各地人民不但要向匈奴缴纳繁重的赋税，而且还要承担匈奴使者的费用。另外，匈奴单于也强迫西域各地的统治者将其子女送往匈奴充当人质。有时也采用“和亲”方式，将公主或亲族的女子嫁给一些国王为妻，见于历史记载的就有
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